Die Evangelische Kirchengemeinde Flamersheim war über etliche Jahrhunderte hinweg eine kleine Gemeinde.
Sie ist heute die älteste des Kirchenkreises Bad Godesberg-Voreifel und Muttergemeinde der umliegenden Kirchengemeinden Euskirchen, Rheinbach, Meckenheim, Zülpich, Bad Münstereifel und Swisttal. Am Pfingstsonntag des Jahres 2011 feierte sie ihr 450-jähriges Jubiläum.
Der Bericht des Präses Petrus Glenius vom 7. August 1641, nach dem es „seit über 80 Jahren auf den adligen Burgen in Flamersheim und Büllesheim ohne Behinderung öffentliche evangelische Predigt gegeben“ habe, erlaubt es, den Beginn regelmäßiger evangelischer Gottesdienste auf das Jahr 1561 zu datieren.
Die Voraussetzung hierfür schuf das Patronat einer adeligen Familie, die zu dieser Zeit auf der Burg in Miel wohnte. Im Jahre 1545 heiratet Lutter Quadt von Landskron (1519-1586) die Sophia von Pallandt (1525-1605), die die Burg in Flamersheim als ihr Erbe in die Ehe einbrachte.
Im Augsburger Religionsfrieden von 1555 sah das Ehepaar eine Chance für die neue Konfession, zu der es sich bekannte, und gestattete ab 1561 auf der Burg öffentlichen reformierten Gottesdienst und Predigt.
Ihr ältester Sohn und Haupterbe, Bernard Quadt von Landskron, und seine Nachkommen setzten bis 1777 das Werk der Eltern fort. Und bis in das 20. Jahrhundert hinein hielten die nachfolgenden adeligen Burgherren von Flamersheim ihre schützende Hand über die reformierte Gemeinde, dienten ihr zeitweilig auch als Presbyter und unterstützen sie mit Zuwendungen und Geschenken. Ab Mitte des 18. Jahrhunderts plante man in Flamersheim den Bau einer evangelischen Kirche. Einsprüche und Schwierigkeiten von verschiedenen Seiten verzögerten die Vollendung des Kirchleins jedoch um mehr als zwei Jahrzehnte. Erst 1772 konnte im Kirchenschiff, einem sogenannten „Betsaal“, evangelischer Gottesdienst gehalten werden.
Im Jahre 1879 ließ Julius-Peter Bemberg, dessen Familie 1862 die Burgen Flamersheim und Ringsheim erworben hatte, einen Turm an die Kirche anbauen. Der Pfarrer Ernst Poensgen (1874 bis 1877) ergänzte die Finanzierung des Baus mit dem Reinerlös seines Buches „Die Geschichte der evangelischen Gemeinde Flamersheim und Euskirchen“. Mit diesem umfangreichen und sehr genau recherchierten Werk hatte dieser sich zudem ein bleibendes Denkmal gesetzt.
Am 22. März 1880 läuteten erstmals Glocken im Turm der Kirche. Sie waren aus Bronze und ein Geschenk Kaiser Wilhelm I. Leider wurden sie im Ersten Weltkrieg wieder ausgebaut und zu Waffen umgeschmolzen. Erst 1925 installierte man Glocken aus Gussstahl, die bis heute zum Gottesdienst rufen.
Durch den Zustrom evangelischer Flüchtlinge und Heimatvertriebener nach 1945 wuchs die Zahl der Gemeindeglieder innerhalb der ersten beiden Nachkriegsjahre von weniger als 200 auf mehr als 4000 Menschen an. Neben der Linderung der dringendsten materiellen Not der meist bitterarmen Menschen galt es von Anfang an auch, ihre seelsorgerische Betreuung sicherzustellen. Dies konnte nur durch Aufteilung des nun zu großen Gemeindegebietes und Einrichtung neuer Pfarrstellen erreicht werden. Schon 1947 gelang es Pfarrer Strakerjahn (1921 bis 1953) eine Pfarrstelle in Rheinbach für die Bürgermeistereien des damaligen Landkreises Bonn (Meckenheim, Rheinbach und Ludendorf) einzurichten. Daraus entstand 1951 die Evangelische Kirchengemeinde Rheinbach, deren Gemeindeglieder aus Meckenheim 1963 ihre eigene Gemeinde bildeten. Erst 1983 konnten sich, auch als späte Folge der kommunalen Neugliederung des Jahres 1969, die bis dahin zu Ludendorf gehörenden Ortsteile mit Heimerzheim zu der neuen Kirchengemeinde Swisttal zusammenschließen.
1953 erhielt die Kirchengemeinde Flamersheim durch die Trennung von Euskirchen ihre völlige Selbständigkeit zurück.
Der Pfarrbezirk Münstereifel löste sich 1977 von Flamersheim und bildet seither eine eigene Pfarrgemeinde.
Am Pfingstsonntag des Jahres 2011 feierte die Kirchengemeinde Flamersheim zum Anlass ihres 450-jährigen Bestehens ein fröhliches Gemeindefest mit einem Festgottesdienst, in dem der damalige Präses der Evangelischen Kirche im Rheinland und Ratsvorsitzende der EKD, Nikolaus Schneider, die Predigt hielt.
Heute besteht die Evangelische Kirchengemeinde Flamersheim aus knapp 3000 evangelischen Christinnen und Christen.