Die Baugeschichte unserer Kirche beginnt 1685 mit der Schenkung eines Grundstückes zum Bau einer Pfarrerwohnung durch Freiherr Dietrich von Quadt-Flamersheim. Die Gemeinde hat aber als Pfarrhaus 1686 am Marktplatz in Flamersheim ein altes Haus erworben. Ab Mitte des 18. Jahrhunderts begannen die Überlegungen zum Bau eines neuen Pfarrhauses und den Bau einer Kirche.
Zunächst wurde das Pfarrhaus von 1686 durch das Haus Pützgasse/Ecke Kirchplatz ersetzt, und ab 1759 begannen die Planungen für den Kirchbau. Pfarrer Weydenbach hatte vor allem in Holland eine Kollekte für den Kirch- und Schulhausbau von 3850 Talern gesammelt. Im April begann der Maurer Caspar Lirck aus Rheinbach mit dem Bau.
Fünf Jahre später bekommt die Kirche ein Türmchen mit einer Glocke. Ab etwa 1772 kann im Kirchenschiff evangelischer Gottesdienst gehalten werden.
Die Einrichtung eines Baufonds, zu dem die Familie von Bemberg 1871 einen namhaften Beitrag leistete, verbesserte die finanziellen Voraussetzungen zum Bau des Kirchturms erheblich. Bereits 1872 hatte Kaiser Wilhelm I. die für den Guss von zwei Glocken erforderliche Geschützbronze geschenkt. Der Turm, so wie wir ihn heute kennen, wird 1879 fertig.
Der Zuzug von Flüchtlingen und Heimatvertriebenen sowie die Einrichtung von Behörden und Einrichtungen des Bundes, ließ in den fünfziger Jahren die Zahl der Gemeindeglieder zunehmen. Das „Wirtschaftswunder“ sorgte zugleich für Wohlstand und steigende Steuereinnahmen. Nun konnte man endlich die notwendigen Beschlüsse für eine erste gründliche Renovierung der Kirche und die Errichtung eines Pfarrhauses fassen.
Im Jahr 1953 fiel die Entscheidung zum Bau der Kirche und des Pfarrhauses in dem damals noch zur Flamersheimer Gemeinde gehörenden Münstereifel. Die Kirche wurde am 3. Advent 1956 eingeweiht.
1957 folgte die Fertigstellung des neuen Pfarrhauses in Flamersheim, das im Erdgeschoss Pfarrbüro und Jugendraum und im ersten Stock die Pfarrwohnung enthielt.
1959 wurde die Neuverglasung des Kirchenschiffes realisiert, die 1956 aus Kostengründen vorerst zurückgestellt wurde.
1964 begann die Errichtung eines neuen Gemeindesaales, der eine kleine Küsterwohnung enthalten sollte. Dieser Anbau wurde so mit dem Kirchenschiff verbunden, dass an großen Feiertagen eine Verbindungstür geöffnet werden konnte und zusätzlicher Raum zur Verfügung stand, so dass niemand mehr während des Gottesdienstes stehen oder gar umkehren musste. Durch diese Baumaßnahme verdoppelte sich die Zahl der Sitzplätze von 75 auf 150. Am Heiligen Abend 1964 benutzte die Gemeinde den Gemeindesaal erstmals für den Gottesdienst mit.
1965 wurde in Stotzheim ein Gemeindehaus errichtet, das in den folgenden Jahren regelmäßig für Gottesdienste genutzt wurde. Das an dieses Gemeindehaus später angebaute Jugendheim wurde 1975 eingeweiht und war in den Folgejahren als „Mobile“ der Schwerpunkt der Jugendarbeit der Gemeinde.
In den Jahren 1986 bis 1988 wurden notwendig gewordene und wegen fehlender Mittel lange aufgeschobene Substanzerhaltungsmaßnahmen und Renovierungsarbeiten an der Kirche geplant und durchgeführt. Schwerpunkt war die Trockenlegung des Kirchenschiffes und die Beseitigung von Rissen im Mauerwerk.
Ende der achtziger/Anfang der neunziger Jahre zeigte sich immer mehr, dass die räumlichen Gegebenheiten nicht mehr den Erfordernissen der aktuellen Gemeindearbeit genügte. Es fehlte an Gruppenräumen, notwendigen Abstellmöglichkeiten sowie behindertengerechten Sanitäranlagen. In den neunziger Jahren wurde deshalb schrittweise an der Verbesserung der Situation gearbeitet:
1992 bis 1994 wurde das Gemeindezentrum aufgestockt, es beherbergte nun im Obergeschoss die neue Küsterwohnung. Im Erdgeschoss wurden Sakristei, Büro, Küche und ein Raum für den Kindergottesdienst und Gruppenarbeit untergebracht. Im hinteren Bereich der Zufahrt entstand ein Carport, der durch einen Abstellraum erweitert wurde.
1993 wurde das Pfarrhaus mit zeitgemäßer Thermopenverglasung versehen und 1995 wurde das Erdgeschoss des Gemeindehauses umgestaltet und bekam barrierefreie Toiletten.
Unsere Gemeinde wuchs weiter, der bestehende Gemeindesaal wurde zu klein, das vorhandene Raumangebot reichte für Gemeinde- und Gruppenarbeit nicht mehr aus.
1999 starteten im September die Vorbereitungen zur größten Baumaßnahme, die unsere Kirchengemeinde seit dem Bau der Kirche im 18. Jahrhundert in Angriff nahm.
Unterstützt durch den Baubeauftragten des Kirchenkreises und den Bausachverständigen des Landeskirchenamtes begann die konkrete Planung für das neue Gemeindezentrum.
Ein zukunftsorientierter Bedarfsplan für die Räume wurde erstellt. Ein „Workshop“ mit fünf Architekten aus dem Raum Bonn, Düren und Euskirchen wurde vorbereitet und fand am 21.01.2000 in Flamersheim statt. Die teilnehmenden Architekten erstellten vor Ort Entwürfe für die bauliche Umgestaltung und präsentierten diese am Ende des Tages den anwesenden Gemeindemitgliedern. Das Presbyterium wählte am 26.01.2000 aus den vorliegenden fünf Entwürfen zwei aus, die einer näheren Betrachtung und Prüfung unterzogen wurden. Am 08.03.2000 fiel die Entscheidung zugunsten des Entwurfes des Architektenbüros Ernst aus Zülpich.
Die Bauphase mit Feinplanung, Bauantrag, Beteiligung der Denkmalpflege, Abriss des alten Gemeindesaales und Erstellung des neuen Gemeindezentrums dauerte insgesamt drei Jahre.
Im Rahmen des Erweiterungsbaues wurde ein neues, dreiteiliges Kirchenfenster installiert, welches von der Rheinbacher Glaskünstlerin Helga Feuser-Strasdas geschaffen wurde.
Am 03. Advent 2002 wurde das neue Gemeindezentrum in Anwesenheit des Architekten und vieler Gäste durch die Gemeinde eingeweiht. Das Um- und Erweiterungsbau brachte der Gemeinde allseits anerkennendes Lob.
Anfang 2005 wurde mit der Renovierung des Kirchenschiffes begonnen. Risse am Innenputz, an den Fensterlaibungen und am umlaufenden Deckensturz, die durch vorangegangene Erdbeben entstanden waren, wurden beseitigt. Der Schriftzug wurde neu gestaltet, Wände und Decke wurden neu gestrichen.
Im Anschluss daran wurden die geplanten Renovierungs- und Instandsetzungarbeiten unserer denkmalgeschützten Ibach- Orgel im noch ausgeräumten Kirchenschiff durchgeführt.
Am Anfang wurde nur bemerkt, dass das Turmkreuz schief stand. Bei näherer Betrachtung stellte man fest, dass es mit einer einfachen Reparatur nicht getan war. Damit der bereits entstandene Schaden nicht noch größer wurde, duldeten die Instandsetzungsarbeiten keinen Aufschub, so dass im Jahr 2009 die Kirchtumsanierung durchgeführt wurde.
2009 beschloss das Presbyterium für das Jahr 2010 die Sanierung des Pfarrhauses, dessen Hülle seit 1957 unverändert war. Man kam damit auch einer langjährigen Forderung der Bauaufsicht des Kirchenkreises nach.
2011 wurde der durch die Kirchturmsanierung in Mitleidenschaft gezogene Kirchvorplatz neu gestaltet. Diese Maßnahme bildete den Abschluss der vorangegangenen Runderneuerung von Kirche und Gemeindezentrum.
Im Jahr 2013 wurde pünktlich zu den Weihnachtsgottesdiensten die in die Jahre gekommene Beschallungsanlage durch eine neue, den akustischen Verhältnissen im Kirchenraum optimal angepasste Anlage in Betrieb genommen.